Am 29. Juni 2013 wurde Prof. Dr. med. Drs. h.c. Hermann Wagner von der Medizinischen Fakultät der Universität Bonn die Ehrendoktorwürde verliehen. Die Auszeichnung erfolgte in Anerkennung für sein Lebenswerk in der Immunologie und der Förderung von Nachwuchs-Wissenschaftlern in diesem Fachgebiet.
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